La COEPES es un órgano técnico de apoyo y asesoría que tiene por objeto coadyuvar con la Secretaría de Educación del Poder Ejecutivo del Estado de Querétaro en la planeación, desarrollo y orientación de manera coordinada, pertinente y racional de la Educación Superior en el Estado de Querétaro.

Algunas de las funciones de la COEPES son:

• Colaborar con la Secretaría de Educación del Poder Ejecutivo del Estado de Querétaro en la elaboración del Programa Sectorial de Educación Superior
• Emitir opinión respecto a la creación de nuevas instituciones de educación superior públicas o particulares, formación de nuevos programas y modalidades educativas en las instituciones existentes
• Diseñar y proponer políticas y criterios específicos para la planeación, desarrollo y reorientación de la oferta de Educación Superior en el Estado, conforme a las perspectivas y necesidades del desarrollo económico y social estatal
• Proponer la metodología para formular indicadores y estándares dirigidos a evaluar periódicamente los distintos aspectos de la Educación Superior
• Diseñar y proponer los criterios y la metodología para la elaboración de estudios de factibilidad sobre la pertinencia de la apertura de nuevas instituciones de educación superior en la Entidad, sus planes y programas de estudio, así como nuevas modalidades educativas
• Proponer estrategias para el mejoramiento de la calidad educativa basada en procesos de evaluación, acreditación y certificación